První písemná zmínka o Němčicích se zachovala v nejstarších dochovaných diplomatických
listinách z roku 1406. Nejstarší archeologické naleziště na území města je ze starší doby kamenné.
Na žádost Vratislava z Pernštejna povýšil císař Ferdinand Habsburský roku 1563 ves Němčice na městečko s udělením mnoha privilegií. Od tohoto roku začaly Němčice vzkvétat, obyvatelé se začali zabývat vedle zemědělství také obchodem a řemesly. Po smrti Jana z Pernštejna přešlo panství do rukou pánů ze Salmu.
Roku 1960 se staly součástí okresu Prostějov a od roku 2001 kraje Olomouckého.
Roku 1970 byly Němčice nad Hanou povýšeny na město a staly se centrem kulturního života, školství, zdravotních služeb, úřadů, obchodů a pracovních příležitostí pro jižní část okresu Prostějov.